Галактическая Федерация Свободных Альянсов правит галактикой с конца вторжения юужань-вонгов до ее поражения от рук возрождающейся Империи примерно сто лет спустя. Это новое правительство, более известное как Галактический Альянс (англ. Galactic Alliance), решает проблему неэффективности правительства Новой Республики в борьбе с угрозой юужань-вонгов. Первоначально миры-участники включали системы Новой Республики, которые не поддавались угрозе юужань-вонгов, но вскоре к ним присоединились другие крупные правительства, выступающие против вторжения, включая Галактическую Империю, Консорциум Хейпса и Восход чиссов. Галактический Альянс в конечном итоге побеждает Империю юужань-вонгов при значительной помощи джедаев и новых союзных вооруженных сил.
Когда угроза юужань-вонгов нейтрализована, Галактический Альянс приступает к задаче восстановления галактики и восстановления государственного контроля — грандиозная задача, учитывая, что миллионы существ были убиты или перемещены, а многие из основных миров галактики были опустошены или полностью разрушены. В это трудное время прилагаются усилия, чтобы ни один крик о помощи не оставался без внимания.
Угрозы галактическому единству продолжают регулярно возникать из источников за пределами Галактического Альянса и внутри него. Кризис киллик-чиссов угрожает оторвать господство чиссов от Галактического Альянса и побуждает Орден джедаев отказаться от участия в непосредственном формировании политики галактического правительства. Джедаи становятся сторонними наблюдателями и советниками, а также решительными сторонниками Галактического Альянса в интересах галактического мира.
Война Галактического Альянса и Конфедерации вспыхивает, когда Галактический Альянс требует, чтобы все миры предоставили достаточные силы обороны и финансовую поддержку, чтобы оправдать свое членство. Джейсен Соло при помощи ситха по имени Люмия манипулирует кризисом и правительством Альянса, пытаясь захватить галактическую власть. Путем юридических и политических маневров Джейсен Соло и верховный главнокомандующий Ниаталь смещают главу государства Кэла Омаса. Вскоре Джейсен становится Дартом Кейдусом, и по мере роста его силы Галактический Альянс темнеет. Джедаи отказываются от поддержки правительства Галактического Альянса под властью Джейсена, активно борются против него и в конечном итоге возвращают галактику в состояние мира.
После десятилетий относительной политической стабильности Галактический Альянс столкнулся с новым кризисом. Джедаи возглавляют новую инициативу по восстановлению миров, опустошенных вторжением юужань-вонгов, с помощью самих юужань-вонгов, отчасти в надежде восстановить свой имидж. Хотя первоначальные результаты оказываются положительными, процесс терраформирования приводит к ужасным мутациям в определенных популяциях. Недавно возродившаяся Империя, больше не являющаяся членом Галактического Альянса, использует кризис, чтобы втянуть миры под свое влияние и вбить клин между Галактическим Альянсом и теми системами, которые остаются его частью. Открытая война вспыхивает по мере того, как Галактическая Империя усиливает свое влияние, а Галактический Альянс теряет систему за системой, а также жизненно важную военную поддержку.
Галактическая Империя одерживает окончательную победу в битве при Каамасе. Адмирал Гар Стази, командующий Центральным флотом Галактического Альянса, отказывается сдаться и бежит на своих кораблях. То, что осталось от Галактического Альянса, переходит под контроль Империи и перестает существовать. Галактическая Империя сохраняет бюрократию Галактического Альянса, адаптируя политические и правительственные службы к новому режиму. Вооруженные силы Галактического Альянса интегрируются в Имперские вооруженные силы или вообще распускаются, если они признаны ненадежными. Вскоре после передачи власти Дарт Крайт свергает императора Роана Фела и захватывает императорский трон.